Las úlceras pépticas son erosiones en el revestimiento del estómago y del duodeno, generalmente causadas por una infección bacteriana por Helicobacter pylori. El estómago produce ácido clorhídrico y enzimas, incluyendo la pepsina, que fragmentan y digieren los alimentos. Existe una capa mucosa que reviste el estómago y lo protege frente al ácido. Las prostaglandinas, sustancias parecidas a las hormonas, también favorecen esta protección. Cuando estos mecanismos de defensa disminuyen, el ácido y la pepsina actúan atacando la pared interna del estómago, formando una herida a la que se conoce como úlcera.
El H. pylori es una bacteria productora de ureasa, que disminuye la capacidad del estómago de producir moco, haciéndolo más propenso a la lesión provocada por el ácido y a las úlceras pépticas. La infección por H. pylori es bastante frecuente, especialmente en países en vías de desarrollo. Se cree que la infección se transmite por beber agua o comer alimentos contaminados con materia fecal humana, o posiblemente por contacto directo con las heces, vómitos o saliva de personas infectadas. Por motivos que se desconocen, H. pylori no provoca úlceras en todos los individuos infectados. De todas maneras, más de la mitad de las úlceras están causadas por esta bacteria.
Otra causa frecuente de úlcera péptica la constituye el uso prolongado de agentes antiinflamatorios no esteroideos (AINEs) como aspirina, naproxeno, e ibuprofeno. Más raramente, una úlcera péptica puede estar producida por el síndrome de Zollinger-Ellison, en el que existe un aumento de la producción de la hormona gastrina debido a la presencia de un tumor en el páncreas o en el intestino delgado.
El consumo excesivo de alcohol y el hecho de fumar pueden empeorar una úlcera péptica e impedir su cicatrización.